Този въпрос има няколко аспекта:
Използвай "публикуване", тази възможност я има от доста време и работи добре. Има много начини да я персонализираш и поддържа доста технологии, включително FTP. Това е доста е по-удобен,по-систематизиран и по-сигурен начин за deploy-ване от ръчното копиране с FTP. А и разработчиците можете да са споделите конфигурацията за публикуването.
Не разбирам защо искаш да копираш изходните файлове (.vb) на сървъра. Това, което искаш да направиш, е да компилираш до DLL-ки и тях + ресурсите да ги сложиш на сървъра,а изходните файлове да са в "безопасност" на компютрите на разработчиците. Можеш да компилираш и на сървъра ако е необходимо, но тогава просто свържи със система за контрол на съдържанието, използвай MS Build и тн. Както и да е, build-ването и публикуването служат да приготвят файловете за deploy, да копираш на ръка не е добре.
Относно новите папки:
-obj е всичко друго,но не и нова. Тя съхранява някои ресурси, ненужни работи и тн.
-.vs съхранява специфични настройки на потребителя и не трябва да и обръщаш внимание,както и на obj.
-My project е най-вероятно твоя папка,нищо свързано с Visual Studio
Иначе казано, стига да ползваш ASP 4, 4.5 нищо не се променя.
Само 5.0 има малко различни правила за deploy-ване. Повечето проблеми,които получаваш, се решават лесно с правилните инструменти (Публикуване). То знае какви файлове да премести(двоични + ресурсите в проекта) и какво да игнорира(изходни файлове, кеш, глупости). Удобно е, по-малко податливо на грешки и върши много повече работа вместо теб.